本文重点在于运用混合坐标法建立能用于半物理仿真系统的柔性太阳电池阵对驱动机构反作用耦合动力学模型。在建立数学模型后，还提出了基于Duhamel积分原理求解动力学方程的方法。在考虑到太阳电池阵运行后，结构变形对原有转动惯量带来的影响，对动力学方程做必要修正。并通过与商用软件ADAMS柔性解算模块的仿真对比，验证了本文提出的算法能够较好地确保反作用力矩求解精度，同时还能保证半物理仿真系统对模型实时解算效率的要求。